Upgow uniwersytet Partnerem Gospodarki Opartej na Wiedzy



Pobieranie 0.51 Mb.
Strona5/8
Data07.05.2016
Rozmiar0.51 Mb.
1   2   3   4   5   6   7   8

INNE WYMAGANIA





Numer w siatce studiów:

6

Kod przedmiotu:

0310-2.03.3.004

ECTS:

1

Informacja naukowa


Forma zajęć:

konwersatorium

Semestr:

zimowy (1)

Liczba godzin:

15







Wykładowca:

dr Tomasz Magdziarz

Forma egzaminu:

zaliczenie


Treści merytoryczne:

Zasady dokumentacji i raportowania badań naukowych. Dokumentacja naukowo-techniczna. Rodzaje literatury chemicznej. Literatura źródłowa. Patenty. Prawa autorskie. Opis patentowy i jego elementy. Znany stan wiedzy. Zastrzeżenie patentowe. Wzory Markusha. Publikacje naukowe. Literatura bibliograficzna. Chemische Zentralblatt. Encyklopedia związków organicznych Beilsteins Handbuch der Organischen Chemie. Encyklopedia związków nieorganicznych i metaloorganicznych Gmelins Handbuch der anorganischen chemie. Chemical Abstracts Service (CAS). System indeksowania CAS. Specyfika danych chemicznych. Bazy danych. Przeszukiwanie baz danych. Sposoby kodowania cząsteczek chemicznych. Wzór cząsteczkowy i strukturalny. Edytory molekularne. System baz danych discoverygate. Chemiczna baza danych crossfire Beilstein. Crossfire Gmelin. Bazy patentów. Patent Chemistry Database. System baz danych pubmed (www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/). Katalogi związków chemicznych jako encyklopedie danych chemicznych (www.sigmaaldrich.com). Bazy danych Science Citation Index. Journal Citation Report. ISI Web of Knowledge. Scopus. Inne internetowe zasoby danych naukowych. Wykorzystanie Google Book Search do przeszukiwania książkowej literatury chemicznej. Wykorzystanie księgarni internetowych (np. Amazon.com) do przeszukiwania książkowej literatury chemicznej. Katalogi bibliotek polskich. Zasoby książek i czasopism. Metody zamawiania literatury chemicznej z bibliotek krajowych i międzynarodowych. Prawne uwarunkowania wykorzystania literatury obcej we własnych badaniach naukowych. Kontekstowe przeszukiwanie baz danych chemicznych. Zasady formułowania zapytań do baz danych. Poszukiwania faktów, związków, reakcji, metod syntezy.



Cele przedmiotu: Przedstawienie podstawowej literatury źródłowej, bibliograficznej oraz baz danych w zakresie chemii.

Efekty kształcenia: Po ukończeniu kursu student powinien posiadać wiedzę na temat zasobów literaturowych w zakresie chemii oraz posiadać praktyczne umiejętności ich wykorzystania, w szczególności formułowania prostych i kontekstowych zapytań do baz danych.


Zalecana literatura:

  1. MDL, materiały do nauki online, http://www.mdl.com/solutions/videos.

  2. J. March, Chemia organiczna, WNT, Warszawa, 1975.

  3. Beilstein Crossfire, materiały pomocnicze online.

Numer w siatce studiów:

7

Kod przedmiotu:

0310-2.03.3.021

ECTS:

3

Laboratorium projektowania molekularnego

Forma zajęć:

wykład + laboratorium

Semestr:

zimowy (1)

Liczba godzin:

15 + 15 = 30







Wykładowca:

prof. dr hab. inż. Jarosław Polański

prof. dr hab. Beata Walczak

prof. dr hab. Stanisław Kucharski


Forma egzaminu:

pisemny


Treści merytoryczne:

Chemia organiczna a chemoinoformatyka. Chemoinformatyka vs. Chemometria. Dane. Informacja. Wiedza. Reprezentacja cząsteczek chemicznych. Reprezentacja macierzowa. Tablica połączeń. Kody SMILES. Operacje na strukturach chemicznych in silico. Formaty danych. Bazy danych struktur chemicznych. Rozwiązywanie problemów budowy struktur chemicznych. Reakcja chemiczna. Projektowanie syntez chemicznych. Chemia syntonów. Koncepcja rozłączeń Corey’a. Symulowanie reakcji chemicznych. Metoda projektowania molekularnego. Deskryptory molekularne. Indeksy topologiczne. Edytory molekularne. Metody analizy wielowymiarowych danych: metody projekcji danych, kompresja i wizualizacja danych. Metody kalibracji, dyskryminacji (dyskryminacyjna metoda Częściowych Najmniejszych Kwadratów, CART) i klasyfikacji (SIMCA). Metody wyboru istotnych deskryptorów (metody jednoparametrowe, typu krokowego oraz wieloparametrowe). Statystyczne metody oceny istotności zmiennych (testy randomizacyjne). Przykłady liniowego i nieliniowego modelowania aktywności biologicznej. Reprezentatywność danych i metody walidacji modeli. Stabilne metody modelowania. Ogólna charakterystyka metod obliczeniowych chemii opartych na mechanice molekularnej i chemii kwantowej. Hierarchia przybliżeń w stosowanych metodach obliczeniowych. Charakterystyka metod opartych na teorii funkcjonałów gęstości. Przegląd podstawowych pakietów programów chemii obliczeniowej: GAUSSIAN, GAMESS, HYPERCHEM, MOLCAS, ACES. Elementy dynamiki molekularnej.



Cele przedmiotu: Przedstawienie podstawowych koncepcji i pojęć chemoinformatyki w szczególności problemów reprezentacji obiektów molekularnych in silco, ich kodowania oraz przekształceń. Zadaniem zajęć laboratoryjnych jest praktyczne wprowadzenie studentów w problemy chemoinformatyki.

Efekty kształcenia: Po ukończeniu kursu studenci powinni posiadać podstawowa wiedzę oraz praktyczne umiejętności w zakresie kodowania struktur chemicznych, używania prostych edytorów molekularnych oraz analizy danych uzyskiwanych metodami chemoinformatycznymi.

Zalecana literatura:

  1. J. Gasteiger, Chemoinformatics A Textbook, Wiley, 2003.

  2. B.G.M. Vandeginste, D. L. Massart, L.M.C. Buydens, S. de Jong, P. J. Lewi, J. Smeyers-Verbeke, Handbook of chemometrics and qualimetrics: part B, Elsevier, Amsterdam, The Netherlands, 1998.
1   2   3   4   5   6   7   8


©absta.pl 2016
wyślij wiadomość

    Strona główna